2000

En este año la definición en la última fecha de la permanencia en la primera categoría Serie A, marca la pauta de una campaña en la que el amor a la institución y a la camiseta, lograra al final la recuperación del equipo y evitar el tan temido descenso. El estratega escogido para tan dura tarea fue Salvador Danielle y pasó la prueba con solvencia y prestancia.

2001
El año no comenzó bien y los recuerdos de la temporada anterior hicieron que el técnico Salvador Danielle fuera separado del equipo, contratando en su reemplazo a Carlos Sevilla en primera instancia y luego a Alfredo Encalada.

Los refuerzos extranjeros llegaron de la mano de Danielle que volvió como “Salvador” del equipo con los argentinos Juan Rocci, Mario Álvarez y Fabián Zermatten. El equipo ganó en solidez y fruto de ello vinieron los resultados futbolísticos y la clasificación a la liguilla final.

El campeonato fue esquivo nuevamente, pero se marcó una tendencia que se repetiría en años posteriores, primeras etapas malas o regulares y luego reinvindicación y juego aguerrido y de clase al final.

2002
Se ratifica al profesor Salvador Danielle y Fabián Zermatten como refuerzo extranjero y se realizan las contrataciones de Seferino Díaz, Maximiliano Blanco y Cristian Carnero.

Una serie de malos resultados provocó la salida del técnico Danielle y el comienzo de una racha de victorias que sumarían 19 en total al mando del nuevo estratega: Pedro Marcheta.

Junto con el nuevo técnico llegaron nuevos refuerzos: Carlos Bértola, Luis Fernández y Javier Paez los mismos que brindaron eficiencia en todas las líneas del equipo.

El juego imparable y las victorias hicieron soñar a la hinchada, pero elementos extra futbolísticos hicieron que el cuerpo técnico renunciara en una fase decisiva del campeonato.

De manera interina asume el cargo de director técnico Alvaro Proaño, tal como lo hiciera la final de la primera etapa, para luego dar paso a Luis García, entrenador de renombre, pero ninguno de los dos pudo superar el mal momento.

El cuerpo técnico que había renunciado regresó a trabajar nuevamente y bajo su tutela, el equipo volvió a jugar en buen nivel, ganado los 4 últimos partidos y dejando sin campeonato al Nacional al vencerlo 4 goles por 1.

2003
Pedro Marcheta, que regresó a los últimos cuatro partidos del año anterior continuó en el equipo, sin embargo fechas más adelante el polémico técnico abandonó el barco por falta de resultados, su reemplazante fue Juan Ramón Silva.

Se contrató a Mariano Campodónico y Raúl Antuña que venían de Aucas y se ratificó a Carlos Bertola y Marcelo Páez. También se sumaron al equipo los jugadores nacionales Santiago Morales y posteriormente Jaime Iván Kaviedes que fiel a su costumbre tuvo un fugaz paso por el equipo.

Esta temporada se caracterizó por los constantes problemas económicos para el club, lo que hizo que más de una ocasión los jugadores del primer plantel no entrenen como medida de presión para exigir sus sueldos a la dirigencia presidida por Fernando Herrera.

En este año se escribió la historia de dos de los partidos más recordados por la hinchada. El 2x1 frente a Liga en el Atahualpa cuando a falta de 7 minutos para finalizar el partido Ambrossi puso el 1x0 para Liga, 2 minutos antes de finalizar el partido Lenin de Jesús puso el empate de cabeza; y luego cuando se jugaban minutos adicionales un saque largo de Carabalí, Baldeón se puso a correr, encaró, pisó el área y cuando se aprestaba a definir fue trabado por Santiago Jácome… penal!!!. Marlon Ayoví hizo explotar la preferencia y enmudeció a los de blanco una vez más.
Meses más adelante se escribió la mayor goleada que ha recibido Liga en su propio estadio, con nueve ausencias entre lesionados y suspendidos le puso un contundente 4x0 a domicilio.

En este año terminaron de consagrarse como pilares fundamentales del equipo los jóvenes canteranos Jhonny Baldeón y sobre todo Luis Fernando Saritama con la salida del equipo de Edison Méndez

2004
Rodrigo Jijón asumió la presidencia del club y con él una nueva ilusión que empezó con la designación de José Horacio Basualdo como DT y con los argentinos Héctor Almandoz, Walter Coyette y Cristian Carnero que regresaba luego de un frustrado paso por Liga de Quito, más tarde se incorporó el también argentino Alberto Godoy que junto a los nacionales Alberto Montaño, Cléber Chalá, Lider Mejía y la base de jugadores propios conformaron el plantel.
Finalmente todos los extranjeros a excepción de Carnero no llenaron las expectativas.

Los resultados no acompañaron a Basualdo y luego de estar 12 fechas al frente del equipo fue removido de su cargo para dar nuevamente paso al conocido Salvador Danielle que dirigió al equipo 3 fechas. Con Basualdo salió también el zaguero central Héctor Almandoz

La vacante para dirigir al Quito la ocupó el colombo-argentino Héctor Oscar Quintabani que mantuvo los extranjeros hasta finalizar la primera etapa para luego reemplazarlos por los colombianos Alexander Posada, Oscar Díaz y Zapatilla Sanchez

Luego de una campaña muy irregular, el equipo perdió la clasificación a la liguilla final de ese año en Riobamba al empatar 1x1 ante Olmedo con arbitraje de Baldassi. La masiva hinchada que acompañó al equipo hasta Riobamba regresó con la frustración de ver a su equipo sin liguilla luego de mucho tiempo.

2005
El campeonato tuvo una modificación, hubo dos torneos, el Apertura y el Clausura, y consecuentemente dos oportunidades para buscar un campeonato.

A pesar de la falta de resultados en la temporada anterior se ratificó a Quintabani y a los colombianos Posada y Díaz que junto a los argentinos Emerson Panigutti y Carlos Alberto Moreno conformaron la cuota extranjera. En el ámbito nacional se contrató a los ex Emelec Carlos Hidalgo, Daniel Viteri y Carlos Juárez.

Luis Fernando Saritama en base a sus excelentes actuaciones ya era el símbolo del equipo, Jhonny Baldeón y Marlon Ayoví pasaban por un gran momento, por lo que en nombres, se conformó un poderoso plantel.

Nuevamente los dos refuerzos argentinos no fueron el aporte deseado y tuvieron que ver varios partidos desde la banca. En la 12va fecha Quintabani dejó al club por falta de resultados, Danielle dirigió el equipo en ese controversial partido en la cuidad de Quevedo donde le robaron un gol al Quito y luego se designó a Julio Asaad como nuevo DT.

Con Asaad el equipo se quedó en la primera ronda de los play offs al ganar 2x0 el partido en el Atahualpa y perder 0x2 en el Monumental. La posición en la tabla definió que el mejor ubicado clasifique en caso de empate en puntos y goles, y ese fue Barcelona.

Para el Clausura un impotente equipo, una molesta hinchada y una desgastada dirigencia trataban de renovar esperanzas en el nuevo y corto torneo.

Se contrató a los argentinos Martín Arriola, Sebastián Dominguez y Juan Carlos Zuleta que también pasaron sin suceso mientras se empezaba a convertir en una constante que Deportivo Quito contrate extranjeros que no rinden.

Asad se mantuvo al frente del equipo hasta la fecha 12 que renunció por falta de resultados. Danielle apareció nuevamente para hacerse cargo del equipo y tratar de llevarlo a la liguilla final, situación que no se dio y el equipo se quedó por segundo año consecutivo sin liguilla para poner fin a una época llena de buenas intenciones de la dirigencia, buenas ideas de la hinchada como el proyecto del nombre en la camiseta, pero muy pobre en resultados.

2006
La nueva directiva encabezada por Fernando Herrera se esmeró en traer un técnico de prestigio como Jorge “Chino” Benítez, ex técnico de Boca.

En el plano nacional se contrató a jugadores como Edwin Villafuerte, Luis Checa, Santiago Morales, Segundo Matamba, Facundo Corozo, Rolando Parrales, Marcelo Velasco, Estuardo Quiñónez mientras que la cuota foránea estuvo conformada por Hernán Boderone, Palmira Salazar y Andrés Grande, jugadores que no rindieron lo esperado y tuvieron que salir a mitad de temporada para dar paso a Germán Real, Camilo Giraldo, Gabriel García y Marcelo de los Santos.

Luego de una regular primera etapa en la que el Quito no pudo clasificar a la liguilla de forma directa dirigencia decidió separar a Jorge Benítez para dar paso a Wilmar Cabrera quien tuvo un buen comienzo y cosechó algunos puntos que a la postre le sirvieron para ingresar a la liguilla. Lamentablemente en la liguilla el equipo se desinfló y la dirigencia una vez más optó por el cambio de técnico, era el tercero del año, en esta vez el polémico Dragan Miranovic.

Con la decisión de la dirigencia de separar a Marlon Ayoví y Edwin Villafuerte, más la salida al fútbol mexicano de Luis Fernando Saritama el equipo quedó muy limitado y en la liguilla quedó sexto entre seis cerrando de esta manera una campaña igual de pobre que las de los últimos años.