1994
Un año de campaña regular en lo futbolístico, teniendo como hecho destacado que se consiguió entrar a la disputa de un cupo para la Copa Conmebol a realizarse el año 1995.

1995
El cuadragésimo aniversario de creación de la Academia, marcó algunos cambios no solo en la parte deportiva, sino también en la dirigencial.

En 1995 Tommy Schwarzkopf deja la dirigencia del cuadro chulla para dar paso al Dr. Jorge Machado Cevallos.

La falta de resultados en lo futbolístico ocasiona la salida de las contrataciones de la nueva dirigencia: el entrenador ecuatoriano Fausto Carrera y los extranjeros Tremonti, Azogue y da Silva, quedando como único extranjero el delantero Enrique Ferraro, que al final del campeonato quedara segundo en la tabla de goleadores con 25 tantos.

La salida de las contrataciones vino acompañada de la renuncia del Dr. Jorge Machado y asumió el cargo de presidente Mauricio Rojas.

La nueva dirigencia realizó contrataciones para finalizar el año. El director técnico fue Abel Moralejo y los extranjeros: Marecco, Ruberto y Pizzio.

Lamentablemente no se pudo concretar la consecución del cupo para la Copa Conmebol.

1996
Asume la dirigencia del club el Ing. Luis Chiriboga Acosta y se contrata al técnico ecuatoriano Polo Carrera para dirigir al equipo.

Los jugadores extranjeros contratados por la dirigencia son: Carlos Bechtoldt, Eduardo Lell, Carlos Amaya y Juan Suárez, siendo estos dos últimos separados luego del equipo por bajo rendimiento.

La entrega y amor a la camiseta de Eduardo Lell es de grata recordación para la hinchada azul-grana y también fue merecedora del reconocimiento de la Asociación de Periodistas Deportivos de Pichincha que lo calificó como le mejor extranjero de ese año.

Se logró clasificar a la liguilla final, sin embargo, los resultados no se dieron para el equipo, que finalizó cuarto.

1997
Se ratifica al director técnico Polo Carrera y a los extranjeros Eduardo Lell y Washington Aires y se contrata como refuerzos de la plantilla de jugadores nacionales al argentino Cristian Chandaré y al colombiano Wilbert Hurtado.

Luego de una primera etapa mala en lo futbolístico se separa a los extranjeros Hurtado y Chandaré y al técnico Carrera. En su reemplazo se contrata a Miguel Angel Arrué como estratega y a los argentinos Fabián Arias y Oswaldo Ozzán.

Luego de la paralización del campeonato por la Copa América en Bolivia, los resultados se fueron dando y el equipo ganó en solidez y solvencia en manos de Arrué. Sin embargo el técnico regresó al fútbol de donde había venido: el peruano. En su lugar llegó al equipo Ramón Stay y junto a él Jorge Reyes en reemplazo del buen zaguero central argentino Eduardo Lell que sufrió una lamentable lesión.

Luego de una angustiosa jornada la Academia lograba la clasificación a la liguilla final en donde enfrentaría a Barcelona y Emelec de Guayaquil y a Liga Deportiva Universitaria, Nacional y Aucas de Quito.

Con la misma tónica de jornadas y encuentros anteriores se dieron las 2 últimas fechas del campeonato en donde el Barcelona remontó un marcador adverso de 2 a 0, ganándolo 3 a 2 al Nacional y forzando la definición del título en la última fecha contra la Academia.

En el partido final Deportivo Quito debía perder por una diferencia no mayor a 2 goles para lograr la tan ansiada y esperada corona. Lamentablemente la tristeza reemplazó a la alegría que ya casi embargaba a los corazones de la hinchada. La Copa se quedó en el local Barcelona que venció 3 por 0.

Fruto del trabajo del año, se logró un vicecampeonato y la oportunidad de volver a Copa Libertadores.

1998
Se ratifica al técnico Ramón Stay y se contrata como refuerzos a los jugadores argentinos Marcelo Soria, Julio Carpeta, José Vaugdanha, Eduardo Lell (recuperado de su lesión) y el uruguayo Jorge Monsecci.

Se disputó la Copa Libertadores de América que había sido esquiva durante nueve años. Los equipos rivales en esa edición fueron Barcelona de Ecuador y América de Cali y Atlético Bucaramanga de Colombia.